Keanekaragaman gen adalah keanekaragaman individu dalam satu jenis mahluk hidup. Keanekaragaman gen mengakibatkan variasi antarindividu sejenis, misal keanekaragaman gen pada manusia. Keanekaragaman gen pada manusia dapat telihat pada perbedaan sifat antara lain warna mata (biru, hitam, dan coklat), ukuran tubuh, warna kulit(hitam, putih, sawo matang, dan kuning) serta bentuk rambut (lurus, ikal, dan keriting). keanekaragaman sifat tersebut diakibatkan oleh pengaruh perangkat pembawa sifat yang disebut gen.
Gen adalah substansi kecil atau unit dasar yang membawa faktor keturunan. Melalui gen inilah sifat-sifat dari induk diwariskan kepada keturunannya. Perbedaan gen (variasi gen) pada setiap mahluk hidup mengakibatkan sifat genotipe dan sifat fenotipe pada setiap mahluk hidup menjadi berbeda. Yang mengakibatkan keanekaragaman gen adalah akibat perkawinan antar mahluk hidup sejenis (satu spesies)
